Esse é um dos melhores emuladores que encontrei por aí. Além da lista de compatibilidade extensa, é muito leve e funcional. Ele não possui uma interface gráfica, mas isso não será problema. Você verão como vai ser fácil utilizá-lo :).
O Mednafen é um multi-emulador, baseado em OpenGL e SDL. Atualmente ele é capaz de rodar:
* Atari Lynx
* GameBoy
* GameBoy Color
* GameBoy Advance
* NES
* PC Engine (TurboGrafx 16)
* PC-FX
* SuperGrafx
* NeoGeo Pocket, NeoGeo Pocket Color
* WonderSwan
* Sega Master System
* Game Gear
E ainda emula os seguintes periféricos:
* Controle do NES , Zapper, PowerPad
* Four-Score, adaptador multyplayer do Famicom
* Controles do Arkanoid, HyperShot, Space Shadow, Mahjong
* Tablet Oeka Kids, Quiz King buzzers, Family Trainer, Barcode World
* Game Genie
Instalação
Vamos começar pela instalação. O programa está nos repositórios, então:
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Instalar MednafenAgora vamos rodar suas ROMs. Aqui eu vou mostrar como rodar o Out Run do Master System. A ROM pode estar zipada ou descompactada, ela roda de qualquer maneira. O melhor a fazer é associar os arquivos descompactados ao Mednafen.

No caso do arquivo SMS, basta clicar com o botão direito e selecionar "Propriedades > Abrir Com". Adicione o Mednafen (basta digitar o nome
mednafen).
Faça o mesmo para os arquivos zipados, apenas não deixe como padrão (você nai vai querer que todo arquivo ZIP vá para o emulador, não é?). Adicione ele como opção, assim você só clica com o botão direito e seleciona "Abrir Com > Mednafen".

E aí vai o resultado:
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